Ansökningar som inte uppfyller villkoren riskerar direktavslag.

De avgörande kriterierna vid RJ:s beslut är den vetenskapliga kvaliteten och programmets genomförbarhet. Forskningsledarens och forskargruppens kompetens är också avgörande i bedömningen.

Ansökningarna bedöms och prioriteras i en särskild beredningsgrupp med bred ämnesmässig sammansättning bestående av forskare från andra länder än Sverige. Beredningen sker i två steg. Vid det första bedömningstillfället tas ett antal ansökningar ut till fortsatt beredning. De ansökningar som förs vidare granskas vid andra bedömningstillfället även av internationella sakkunniga och genom intervjuer av forskargrupperna. Formellt beslut fattas av RJ:s styrelse. Ingen motivering till beslutet ges, men de externa sakkunnigas skriftliga utlåtanden skickas till alla som har gått vidare till andra bedömningstillfället.